مأموريت مهم و افتخارآفريني كه رهبر فرزانه انقلاب اسلامي ايران بر عهده مركز الگوي اسلامي ايراني پيشرفت گذاشته‌اند ايجاب مي‌كند كه ساختاري چابك، پويا، هوشمند و متناسب با اين وظيفه خطير براي آن تعبيه شود. به همين دليل، شوراي عالي مركز، چندين جلسه را به بحث درباره ساختار تشكيلاتي مركز اختصاص داد و نهايتاً سه حوزه معاونت را تصويب كرد تا با همكاري و معاضدت يكديگر، مأموريت‌هاي محوله در اساسنامه مركز را به انجام رسانند.
معاونت علمي و تقسيم كار ملي، حوزه‌اي است كه وظيفه تحرك‌بخشي به ظرفيت عظيم علمي و نخبگاني كشور و جهت‌دهي و هم‌راستايي اين سرمايه ارزشمند فكري به سوي مباحث مرتبط با پيشرفت اسلامي ايراني را بر عهده دارد. از آن جا كه شأن و جايگاه مركز الگوي اسلامي ايراني پيشرفت ذاتاً فراستادي است لذا اين معاونت نيز با همين رويكرد، فعاليت‌هاي خود را سامان مي‌دهد و از ورود به عرصه‌هاي صرفاً اجرايي (صف) حتي‌الامكان احتراز مي‌كند.
1- شناسایی و فعال‌سازی ظرفیت‌های علمی موجود کشور (دولتی و غیر دولتی) و هدایت آنها به سوی اهداف الگو.
2- ساماندهی و هماهنگ‌سازی فعالیت‌های علمی مرتبط با الگو در سطح کشور با هدف ایجاد هم‌افزایی و اجتناب از پراکنده‌کاری.
3- برنامه‌ریزی در راستای گسترش و تعمیق نظریه‌پردازی (تولید علم) در زمینه الگو با تکیه بر مبانی اسلامی و بهره‌گیری از دانش بشری.
4- طراحی ابتکارات انگیزشی و فرهنگی با هدف تبدیل موضوع "الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت" به مطالبه عمومی و چشم‌انداز مشترک جامعه نخبگاني (Shared Vision).
5- كمك به انديشكده‌ها جهت تدوین نظام مسایل اساسی کشور و استخراج خطوط و زمینه‌های پژوهشی مورد نیاز و تسهيل انتقال دستاوردهاي پژوهشي به آنها.
6- رصد و پایش نوآوری‌ها و دستاوردهای علمی جدید بین‌المللی مرتبط با الگو و هدایت آنها به سمت اندیشکده‌ها.
7- فراهم نمودن زمينه همكاري‌هاي بين‌المللي و جلب همکاری دانشمندان جهان اسلام به ويژه در زمينه‌هاي مورد نياز انديشكده‌ها.
8- اهتمام به ایجاد بسترهای لازم به منظور تربیت نیروی علمی مورد نیاز کشور در جهت طراحی و اجرای الگو با تکیه بر نخبگان جوان.
9- راه‌اندازی و به روز‌نگه‌داری بانک اطلاعاتی جامع از کلیه اعضای هیئت علمی، پژوهشگران و نظریه‌پردازان فعال حوزوی و دانشگاهی در زمینه‌های مرتبط با الگو و جلب همفكري و همكاري آنها.
10- تدوين نظام داوري و شاخص‌گذاري فعاليت‌هاي علمي مرتبط با الگو.
